原子吸收霧化器的結構主要可分為進樣反應和氣液分離兩部分。為了達到靈敏度和重復性上的性能要求，進樣反應部分要求每次吸入樣品的劑量準確、穩定；氣液分離部分要求氣液分離*，內部沒有殘留。
噴嘴的構造基本是由一個聚四氟乙烯腔體和一根鉑金管組成；鉑金管安裝在腔體正中央，它的出口與腔體出口形成兩個同心圓，管子的內管流通樣品溶液；管子外壁與腔體出口形成的環狀縫隙流通空氣（也稱原子化氣）。當原子化氣供給時，在鉑金管口形成一個很強的負壓，于是溶液在外部大氣壓的作用下產生虹吸現象被強行提升到鉑金管中并形成一股*的水霧噴射出。水霧的強弱對霧化效率的影響比重很大，可以說是決定性的。
由于樣品前處理及過濾不*，物理顆粒和試劑成分往往將鉑金管腔堵塞，直接影響到樣品的提升量減少甚至不吸樣，此現象通過進樣毛細管可以觀察到。使用儀器附帶的通絲即可解決。使用通絲時一定注意從入口一次性穿入清通，不能往返拉鋸式清通，否則會將鉑金口拉豁形成梅花狀使水霧偏離軸心，降低霧化效率，這種故障發生率較高，是用戶誤操作所致。
另有一種隱性堵塞故障不易被發現；當發生堵塞后用通絲清通無效時，用戶往往束手無策。其實質是空氣中的油污將環狀縫隙部分或全部堵塞，造成不能產生虹吸現象。判斷方法是:將儀器條件的火焰方式改為“僅用空氣”按下點火鈕后（此時確保無火焰點燃）取出噴嘴，將毛細管插入水中觀察水霧噴射有無或狀態。解決方法是：將噴嘴移到水池邊，用吸耳球吸滿10％的硝酸并從噴嘴空氣入口注入，反復幾次后再用蒸餾水充分沖洗。
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